) Indique os peptídeos que resultariam da clivagem pelo reagente indicado:
Arg-Ser-Pro-Lys-Lys-Ser-Glu-Gly by trypsin
Arg-Ser-Pro-Lys-Lys-Ser-Glu-Gly by trypsin
Passo 1
O enunciado pede: indicar os peptídeos que resultariam da clivagem da sequência peptídica pelo reagente indicado.
Informações fornecidas:
Informações fornecidas:
- Sequência peptídica: Arg-Ser-Pro-Lys-Lys-Ser-Glu-Gly.
- Reagente: tripsina (trypsin).
A tarefa é listar os fragmentos peptídicos produzidos pela clivagem da sequência original pela tripsina.
Passo 2
Vou explicar, de forma bem didática, o princípio que usamos aqui (é pequenina a teoria, prometo que é útil e direta). A tripsina é uma enzima que corta ligações peptídicas em um lado específico dos aminoácidos. A regra prática que você precisa decorar para as provas é:
- A tripsina cliva a ligação peptídica no lado carboxila (ou seja, depois) dos aminoácidos arginina (Arg) e lisina (Lys), exceto quando o aminoácido que vem logo após (a jusante) for prolina (Pro).
Explicando as palavras: “clivar no lado carboxila de Arg ou Lys” significa que a quebra ocorre entre esse resíduo (Arg ou Lys) e o próximo resíduo na cadeia. A exceção com Pro ocorre porque a conformação com Pro impedirá a enzima de acessar/agir ali.
Passo 3
Agora vamos inspecionar a sequência e identificar todos os resíduos Arg e Lys e verificar se a próxima posição é Pro (a exceção). Vou numerar as posições para facilitar (só numerar para eu e você enxergarmos claramente):
-
: Arg -
: Ser -
: Pro -
: Lys -
: Lys -
: Ser -
: Glu -
: Gly
Verificamos cada Arg/Lys:
- Residuo em
é Arg e o próximo (posição ) é Ser → não é Pro, logo a tripsina cliva após Arg em . - Resíduo em
é Lys e o próximo (posição ) é Lys → não é Pro, logo a tripsina cliva após Lys em . - Resíduo em
é Lys e o próximo (posição ) é Ser → não é Pro, logo a tripsina cliva após Lys em .
Portanto os cortes ocorrem depois das posições
,
e
.
Passo 4
Agora vamos montar os fragmentos resultantes dos cortes. A cadeia original, com linhas indicando as quebras, fica assim:
Arg | Ser-Pro-Lys | Lys | Ser-Glu-Gly
Explicando como cheguei nisso:
Arg | Ser-Pro-Lys | Lys | Ser-Glu-Gly
Explicando como cheguei nisso:
- Corte após
separa Arg do restante → fragmento 1: Arg. - Entre o corte após
e o corte após ficam as posições a → fragmento 2: Ser-Pro-Lys. - Corte após
seguido de corte após deixa a posição isolada → fragmento 3: Lys. - O que vem depois do corte após
até o final (posições a ) é Ser-Glu-Gly → fragmento 4: Ser-Glu-Gly.
Passo 5
Cheque rápido (sanidade): não há outros Arg ou Lys além dos que checamos, e nenhum deles está seguido por Pro que impediria a clivagem. Portanto a lista de fragmentos acima está completa.
Resposta
Arg
Ser-Pro-Lys
Lys
Ser-Glu-Gly
Ser-Pro-Lys
Lys
Ser-Glu-Gly