34^{\circ} ) Indique os peptídeos que resultariam da clivagem pelo reagente indicado:
Arg-Ser-Pro-Lys-Lys-Ser-Glu-Gly by trypsin

Passo 1

O enunciado pede: indicar os peptídeos que resultariam da clivagem da sequência peptídica pelo reagente indicado.
Informações fornecidas:
  • Sequência peptídica: Arg-Ser-Pro-Lys-Lys-Ser-Glu-Gly.
  • Reagente: tripsina (trypsin).
    A tarefa é listar os fragmentos peptídicos produzidos pela clivagem da sequência original pela tripsina.

Passo 2

Vou explicar, de forma bem didática, o princípio que usamos aqui (é pequenina a teoria, prometo que é útil e direta). A tripsina é uma enzima que corta ligações peptídicas em um lado específico dos aminoácidos. A regra prática que você precisa decorar para as provas é:
  • A tripsina cliva a ligação peptídica no lado carboxila (ou seja, depois) dos aminoácidos arginina (Arg) e lisina (Lys), exceto quando o aminoácido que vem logo após (a jusante) for prolina (Pro).
    Explicando as palavras: “clivar no lado carboxila de Arg ou Lys” significa que a quebra ocorre entre esse resíduo (Arg ou Lys) e o próximo resíduo na cadeia. A exceção com Pro ocorre porque a conformação com Pro impedirá a enzima de acessar/agir ali.

Passo 3

Agora vamos inspecionar a sequência e identificar todos os resíduos Arg e Lys e verificar se a próxima posição é Pro (a exceção). Vou numerar as posições para facilitar (só numerar para eu e você enxergarmos claramente):
  • 1: Arg
  • 2: Ser
  • 3: Pro
  • 4: Lys
  • 5: Lys
  • 6: Ser
  • 7: Glu
  • 8: Gly
Verificamos cada Arg/Lys:
  • Residuo em 1 é Arg e o próximo (posição 2) é Ser → não é Pro, logo a tripsina cliva após Arg em 1.
  • Resíduo em 4 é Lys e o próximo (posição 5) é Lys → não é Pro, logo a tripsina cliva após Lys em 4.
  • Resíduo em 5 é Lys e o próximo (posição 6) é Ser → não é Pro, logo a tripsina cliva após Lys em 5.
Portanto os cortes ocorrem depois das posições 1, 4 e 5.

Passo 4

Agora vamos montar os fragmentos resultantes dos cortes. A cadeia original, com linhas indicando as quebras, fica assim:
Arg | Ser-Pro-Lys | Lys | Ser-Glu-Gly
Explicando como cheguei nisso:
  • Corte após 1 separa Arg do restante → fragmento 1: Arg.
  • Entre o corte após 1 e o corte após 4 ficam as posições 2 a 4 → fragmento 2: Ser-Pro-Lys.
  • Corte após 4 seguido de corte após 5 deixa a posição 5 isolada → fragmento 3: Lys.
  • O que vem depois do corte após 5 até o final (posições 6 a 8) é Ser-Glu-Gly → fragmento 4: Ser-Glu-Gly.

Passo 5

Cheque rápido (sanidade): não há outros Arg ou Lys além dos que checamos, e nenhum deles está seguido por Pro que impediria a clivagem. Portanto a lista de fragmentos acima está completa.

Resposta

Arg
Ser-Pro-Lys
Lys
Ser-Glu-Gly

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