6- Em uma simulação de dinâmica molecular de uma proteína em solução aquosa, o pesquisador deseja analisar as interações não covalentes que estabilizam a estrutura terciária. O campo de força escolhido descreve as energias do sistema segundo o potencial:
E_{\text {total }}=E_{\text {ligação }}+E_{\text {ângulo }}+E_{\text {torção }}+E_{v d W}+E_{\text {coulomb }} ç ã â ç ã
Onde:
E_{v d W} é modelado pelo potencial de Lennard-Jones:
E_{v d W}(r)=4 \varepsilon\left[\left(\frac{\sigma}{r}\right)^{12}-\left(\frac{\sigma}{r}\right)^{6}\right]
E_{\text {coulomb }}=\frac{q_{i} q_{j}}{4 \pi \varepsilon_{0} r} , representando interações eletrostáticas.
Durante a análise, observou-se que:
Um resíduo de aspartato (
-\mathrm{COO}^{-} ) forma uma ponte de hidrogênio com um resíduo de serina
(-\mathrm{OH}) , estabilizando a cadeia lateral.
Um resíduo de fenilalanina (anel aromático) está próximo de uma valina, estabelecendo interações de van der Waals.
Questões:
a) Qual termo do campo de força é predominante na descrição da ponte de hidrogênio entre o aspartato e a serina? Justifique.
b) Explique por que o potencial de Lennard-Jones é adequado para descrever a interação entre fenilalanina e valina.
c) Se a distância entre dois átomos de valina e fenilalanina é menor que
\sigma , o termo de repulsão do potencial de Lennard-Jones aumenta ou diminui? Qual fenômeno físico isso representa? (Valor 0,00 a 2,00 pts)